目前我院有山东省医药卫生重点学科1个，为血液内科，市级医学重点学科22个，分别为内分泌代谢病科、呼吸与危重症医学科、重症医学科、泌尿外科、儿科、神经外科、护理学、骨科、血液内科、消化内科、神经内科、心内科、普外科、产科、泌尿内科、妇科、麻醉学、临床检验诊断学、康复医学与理疗学、耳鼻咽喉科学、口腔医学、胸外科学。

菏泽市卫健委自2020年12月11日起启动了菏泽市重点学科申报工作，我院接到通知后，院领导高度重视，于2020年12月18日成立了我院重点学科建设工作领导小组，召开了重点学科评审申报会议，对《菏泽市医学重点学科评审标准》进行了详细解读。为进一步加强重点学科建设，我院制定了《我院重点学科管理制度》《临床重点专科、重点学科建设实施方案》《我院重点学科建设目标责任制管理办法》等文件。

我院为了加强重点学科建设，重视科研、教学及人才培养，于2021年1月29日成立了科研创新团队，制定了科研创新团队建设方案，多次召开会议进行讨论，并对科研创新团队成员多次进行科研知识培训，近五年国家级科研立项5项，省级立项27项，获菏泽市科技进步奖59项，继续医学教育项目共审批通过188项，其中国家级7项、省级72项、市级109项。